Marijampolės apskrities elementarinių mokyklų sąraše minima, kad 1819 m. Sintautuose jau veikė parapijinė mokykla. Mokytojavo kun. Pranciškus Butkevičius, mokėsi 48 mokiniai.
1839 metais Sintautuose įsteigta valdinė mokykla, bet mokinių mokėsi nedaug – nuo 12 iki 33. Mokykla suklestėjo į Sintautus atvykus kun. Antanui Tatarei, kurio šviečiamasis darbas netrukus davė vaisius: mokinių padaugėjo iki 85. Sintautų mokykla 19 a. pabaigoje buvo laikoma viena geriausių apskrityje.
1915 metais Lietuvą okupavus vokiečiams, Sintautuose lietuviška mokykla nebeveikė. Vokiečių valdžia atidarė mokyklą savo tautybės vaikams, nes aplinkiniuose kaimuose gyveno daug vokiečių šeimų. Po dvejų metų buvo leista atidaryti mokyklą ir lietuvių vaikams.
Nuo 1931 metų Sintautų mokykla jau turėjo keturis komplektus, o 1938 metais buvo atidaryti penktas ir šeštas skyriai. 1945 metais šešių skyrių pradinė mokykla reorganizuota į progimnaziją: keturi pradinės mokyklos skyriai ir keturios progimnazijos klasės. 1947 metais išleista pirmoji progimnazijos laida.
1949/1950 mokslo metais progimnazija perorganizuota į septynmetę mokyklą. O po dvejų metų atidaryta aštuntoji klasė.
1954 metais leista Sintautų mokykloje atidaryti devintąją klasę ir suteiktas vidurinės mokyklos statusas. Po ketverių metų išleista pirmoji abiturientų laida.
1967 metais pastatytas mokyklos priestatas, kuriame mokykla egzistuoja ir šiandien. Pirmieji respublikoje 1988 metais įvedėme tikybos mokymą mokykloje.
2001 metais išleidžiama paskutinioji 43-ioji abiturientų laida ir mokykla reorganizuojama į pagrindinę. 2004 metais prijungiamas Keturnaujienos pradinio ugdymo skyrius.
Mūsų mokykloje mokėsi daug garsių žmonių: poetas Pranas Vaičaitis, Nepriklausomybės Akto signataras Saliamonas Banaitis, kalbininkas Juozas Pikčilingis, agronomas dr. Juozas Kaunas, bėgikas Kęstutis Orentas, dailininkas Vitas Duoba, žurnalistas Algis Ūsas, teisininkai Justinas Vasiliauskas, Juozas Jacevičius, mokytojas Juozas Augustaitis, vokiečų kalbos dėstytojas Valentinas Šutrikas.
2004 m. prijungtas Keturnaujienos pradinio ugdymo skyrius.
2008 m. uždarytas Keturnaujienos pradinio ugdymo skyrius.
2005 m. prie Sintautų pagrindinės mokyklos prijungtas Sintautų vaikų darželis ir jis tapo ikimokyklinio ugdymo skyriumi.
2012 – 08 – 31 prijungtas Beržynų pradinio ugdymo skyrius.
2016 – 08 – 31 uždarytas Beržynų pradinio ugdymo skyrius.
2011 – 12 – 19 pradėta statyti mokyklos sporto salė. Jos atidarymas vyko 2012 metais spalio 3 dieną. Tada buvo leista ja naudotis, bet Valstybinė komisija priėmė tik 2013 metų spalio mėnesį. Tada ir buvo galutinai baigta ir įrengta mažoji aktų salė antrame aukšte.
2014 metų birželio 28 dieną pradėta griauti senoji mokykla, kurioje anksčiau buvo progimnazijos, pirmosios vidurinės mokyklos klasės, o vėliau mokyklos dirbtuvės ir sporto salė. Darbas truko apie savaitę.
